年2回、自己評価と店舗・エリアの業績評価を行う。自己評価は基本給に影響、業績評価は賞与の査定に影響する。また、評価である一定水準以上を維持することで、昇格試験（社内資格）を受験可能。在籍時の昇格試験（筆記、面接）は年１回夏に行われた。スギ薬局はジョブローテーションを行いやすくするため職位（役職）では給与は変動せず、社内資格にもとづき給与が決定される。一度昇格すると同じ資格を最低２年間維持する必要があるため、最短での昇格は2年おきに1等級ずつの昇格となる。